国際線では異なる航空会社間でのバゲージスルー規定はありますが、国内線では他社便との規定がないと言われました。
当日早めに伊丹空港カウンターで問い合わせ、新千歳で荷物移動が可能か問い合わせてください。

沖縄で果物をコンテナボックスに入れてもらい、那覇ー伊丹ー新潟と移動したことがあります。ANAからJ-AIRへの乗継ぎです。
那覇空港のANAカウンターで（誤って）出来ると仰ったので、壊れ物扱いでお願いしました。後から伊丹＆新潟の各空港と連絡を取り、確約後、引き受けてくださいました。
新潟空港のJAL係員さんはANAコンテナを受け取るのは初めてと仰ってました。新潟空港のGSさんたちは同じチームにて、空港内でコンテナ引き渡しができることがOKいただいた理由かなと思っています。