エアトリのような旅行サイトの場合は、どちらもありえます。行きと帰りそれぞれのスタート空港のチェックインカウンターで荷物を預ける際にスーツケースに付けられるタグで分かります。それが途中の空港までなら、その空港で一旦荷物を取って再度チェックインする必要があります。ただし、乗り継ぎ時間がないと余裕がなくなるので、私なら旅行前に最初に乗る航空会社に電話して聞きます。また、日本語対応していない航空会社を使う場合には、乗り継ぎ時間を普通より多くとります。何があるかわからないし、トランジットタイムが沢山あっても、ラウンジホッピングやトランジットツアーなど沢山楽しめるので。
エアトリとかは安い航空券沢山ありますが、乗り継ぎ空港や乗り継ぎ時間には要注意です。今EU圏などはしょっちゅう欠航します。
今まで遅延や荷物トラブル、機体トラブルなど散々経験しましたので、結論としてトランジットタイムを沢山とって、何もなければ楽しむというスタイルにしています。参考にならないか…。

初めまして！
予約内容の詳細がわからないので一般的なお答えしかできませんがまず予約されている便名はどうなっていますか？シェムリアップ・バンコク間はPG、それともJLでしょうか？バンコク・羽田間はPG、それともJLでしょうか？全ての4区間がPG、あるいはJLならば間違いなく通しの航空券です。発券済みなら航空券番号が4区間全て同じなら1つの予約なので通しです。最後にバンコクエアウェイズとJALはお互い共同運行便を運行しているのでチェックイン時に乗継便もチェックイン可能性が高く預け荷物も通しで運んでもらえる可能性が高いです。