昨年、一昨年にフィリピンに行きましたが、危ないとは感じませんでした。
ただ、空港でも停電があり、その間はラウンジやショップは閉鎖していました。カウンター業務も停止していました。

国内でもセブ島などに行く場合は飛行機乗り継ぎになり、深夜の空港は乗り継ぎ乗客が多いです。皆さん、ベンチに座って待っています。
空港ターミナル3内にホテルもありました。

マニラ空港には4つのターミナルがあり、同じターミナルでの乗り継ぎの場合、入国せず制限エリア内で待つことができますが、別ターミナルの場合、一旦入国し、乗り継ぎバスでターミナル間移動します。バス時間間隔あり、時間がかかります。
預け荷物も一旦引き取ることもあります。予め日本発のチケットを購入した航空会社に問い合わせし、最終目的地までバゲージスルーできるか確認してください。予約センターではNGと言われても出発空港カウンターで確認してOKの場合もあります。

フィリピンは離島の海がきれいで、人々も優しくて親切でした。
楽しい旅になりますように。