こんばんは。
最近は、どう考えても合点がいかないこと…には、AIに確認する事が多くなっています。
ご質問に関しては、私が確認したAI(パープレ)も、既に回答をされたひろぴょんさん同様にレアなケースとしています。ご参考までに:

JAL907便（5月14日 羽田-那覇）のように「ファーストクラス」と「普通席」は設定されているのに「クラスJ」の設定がない理由は、主に機材や運航上の特別な事情によるものです。

エアバスA350型機など一部の機材・便では、座席としてはクラスJのシートが搭載されていても、予約システム上「クラスJ」として販売されていないケースがあります。この場合、普通席の運賃で予約し、座席指定画面でクラスJの座席を選ぶことが可能ですが、クラスJとしての運賃やサービス提供はありません。

このような設定になる理由は以下のように推測されます。
•特定の便や日程で、運航スケジュールや機材繰りの都合により、本来3クラス（ファースト・クラスJ・普通席）運用の機材を2クラス（ファースト・普通席）運用とする場合がある。

•システムや販売上の事情で、クラスJの販売枠を設けず、普通席の一部としてクラスJシートを開放することがある。

•旅行会社などの予約端末でもクラスJの設定が表示されず、公式にもクラスJの予約は受け付けていない。

この現象は「超レア」なケースとされており、通常はクラスJが設定されている便でも、まれにこのような運用が発生します。

まとめると、JAL907便でクラスJの設定がないのは、機材や運航上の特別な事情によるもので、普通席の予約でクラスJシートを選べる場合もありますが、正式なクラスJサービスや運賃設定は行われていないためです。

こんばんは。これはレアなケースですね。
同じ事案で過去に数回、tricoで話題になったことがありますが、様々な憶測は出てきたものの、決定打は無いままですね。
当時の有力な説としては、普通席とクラスJ席のエリアまで含めてドサッと団体客の予約(分かり易い例だと修学旅行とかね)で普通席の設定で販売したけれど、それがキャンセルになってしまった場合に、普通席として設定したままで一般開放して販売したらこうなるんじゃないかという説がありました。
ちなみに同日の前後の便や、前日翌日の便はどうですか？
もしこの便だけならは、上記の説かもしれませんね。
そうではなくて、何便にも渡って同じ設定があるならば、上記の説ではないですね。他に思いつくのは、航空法第105条で国交省へ運賃を申請した際にクラスJを設定し忘れた？(そんなことあり得ないとは思いますが(笑))。
すいません、結局、憶測の話にしかなりませんでしたね…