JALで予約した他社運航便の座席指定について2つ質問があります。

JALで東京→ミネアポリスの飛行機を予約しました。
経路は東京→ダラス→ミネアポリスを予定しており、ダラス→ミネアポリスの運行会社はアメリカン航空となっております。
ダラス→ミネアポリス間の座席指定をJALのシステムで行うと殆どの席がブロックされているのですが、アメリカン航空のウェブページで座席指定を試みると、（ワンワールドのステータスにより無料で予約できる席を含め）多くの席が指定可能です。
したがって、できればJALのシステムを使わずにアメリカン航空のサイトで座席指定したいのですが、この場合も特に問題は生じずチケットは発行されるのでしょうか？

また、今回の場合のように、他社運航便の座席指定席する際にJALのシステムを使うと予約可能な座席が少ないものの、他社サイトで座席指定すると多くの座席を指定可能という状況はよくあるのでしょうか?