実はどちらも最終目的地まで預けられます。

JALグループとソラシドは手荷物連帯運送をしていますので、JTA➡ソラシドでも福岡で石垣まで預けられます。
国際線でJALから別の航空会社に途中で乗継があっても、荷物は最終目的地まで預けられるのと同じですね。

ただ、ソラシドの搭乗手続きは那覇で必要になるので、チェックインをする時に、既にスルーで預けている荷物があることを伝えてクレームタグをスタッフに見せればOKです。

※JTAxJTAなら、チェックインも2区間分、福岡で出来ます。