tamaさん、南インド良いですね!
ご質問の件ですが、今年のGW体験を参考までに。
羽田-バンコクをJL、バンコク-クアラルンプールをMHで別購入していたのですが、羽田でMH分も一緒に搭乗券発行してもらえました。
ただ、搭乗券にはグループ名やラウンジ名まで記載されていなかったので、バンコクのマレーシア航空乗り継ぎカウンターで再発行はしてもらいましたけど。。
預け荷物はなかったのですが、バンコクのMHカウンターで「預け荷物はある?」と聞かれたので、あれば何かしらの対応はしてくれたかもしれません。
今回のtamaさんのご旅程で気になるのは、インドはビザが必要という点でしょうか。
ここの確認は本来マレーシア航空がすることでしょうし、そういった旅程まで日本で対応してくれるのかどうか不安があります。
また、お帰りは乗り継ぎ時間が長く且つインドでのチェックインですので、日本便まで対応してくれる可能性は低いかもしれませんね(あくまで推測)。
参考にならず恐縮ですが、少しばかりの情報ということで記載させていただきました。
良い旅になりますこと、祈っております!